洁净室气流组织
送风气流应以短距离，不受污染地直接送到工作区，并且尽量覆盖工作区，使污染物在扩散之前被携带到回风口。尽量减少涡流，避免把工作区以外的污染物带入工作区。尽量控制气流的上升，防止造成二次污染。工作区的气流尽量均匀。主要分为单向流洁净室（层流）及非单向流洁净室（乱流）。
无菌室的设置
无菌室应根据既经济又科学的原则来设置。其基本要求有以下几点：
（1）无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。内间面积2×2.5＝5m2，外间面积1×2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。
（2）内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台远的位置上；外间的门好也用拉门，要设在距内间远的位置上。
（3）在分隔内间与外间的墙壁或“隔扇”上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。
（4）无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上（即离工作台远的位置），好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件可安装恒温恒湿机。
5、净化相关附属设备
包括净化工作台、层流罩、自净器（如空气净化器）、风机过滤单元、过滤器送风口、净化单元、装配式洁净室（如洁净棚）、净化空调机组（恒温恒湿、带过滤器）、风淋室、气闸室（进出门互锁）、传递窗、余压阀（维持稳定正压）、清扫装置（如真空吸尘系统）。
无菌室一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。
注意事项
严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌室应先关掉紫外灯。
规程
1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。
2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌室应备有工作浓度的消毒液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。
5.无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。
6.需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
7.工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
8.无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌30分钟。
9.供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球消毒外表面。
10.每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
11.吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
12.接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
13.带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24小时后取出冲洗。
14.凡带有活菌的物品，必须经消毒后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。
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