洁净室气流组织
送风气流应以短距离，不受污染地直接送到工作区，并且尽量覆盖工作区，使污染物在扩散之前被携带到回风口。尽量减少涡流，避免把工作区以外的污染物带入工作区。尽量控制气流的上升，防止造成二次污染。工作区的气流尽量均匀。主要分为单向流洁净室（层流）及非单向流洁净室（乱流）。
工作人员进入无菌实验室要穿无菌衣、帽、口罩和鞋，非工作人员不得随意进入。
.无菌室应该有工作浓度的消毒液，并配备紫外灯进行空气消毒，定期使用适宜的消毒液灭菌清洁，无菌室设计，保证无菌室的洁净度符合要求。
无菌实验室要保持清洁，严禁堆放杂物，手术无菌室，以防止污染。每天要进行湿式小扫除，无菌室，每周大扫除，药厂无菌室，每月进行空气和试验台表面的xi菌学检测，各项指标控制在标准范围内。
要防止灭菌器材和培养基污染，已污染的就要停止使用；需要带入无菌实验室的仪器、平皿等物品都要包扎严密，并采用适宜的方法灭菌；供试拼在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以免污染，并消毒外表面。
无菌实验室要保持清洁，操作完毕后要清理无菌室，消毒、擦拭台面，不存放与实验无关的物品，再用紫外灯辐照灭菌。
操作过程注意事项
1． 动作要轻，不能太快，以免搅动空气增加污染；玻璃器皿也应轻取轻放，以免破损污染环境。
2． 操作应在近火焰区进行。
3． 接种环、接种针等金属器材使用前后均需灼烧，灼烧时先通过内焰，使残物烘干后再灼烧灭菌。
4． 使用吸管时，切勿用嘴直接吸、吹吸管，而必须用洗耳球操作。
5． 观察平板时不好 开盖，如欲沾取菌落检查时，必需靠近火焰区操作，平皿盖也不能 大开，而是上下盖适当开缝。
6． 进行可疑致病菌涂片染色时，应使用夹子夹持玻片，切勿用手 直接拿玻片，以免造成污染，用过的玻片也应置于消毒液中浸泡消毒，然后再洗涤。
7． 工作结束，收拾好工作台上的样品及器材，后用消毒液擦拭工作台。
正压通气
万级层流手术室不仅要求高度洁净的空气，而且要求能控制气流的流通方向，手术室内形成正压环境，使气流从洁净度高的手术区域流向洁净度低的区域，一股细小、薄层的气流，以均匀的流速向同一方向输送，并带走和排出气流中的尘埃颗粒和细a菌。目前，层流净化手术室分为垂直层流式和水平层流式两种。垂直层流式过滤器装在手术病床的正上方，气流垂直吹送，回风口设在墙面的四角，确保手术台洁净度达标，一般多采用垂直层流式效果较好。
单通道流向
医院在万级层流手术室与消毒柜之间制作了一堵墙，并设立进、出单通道，需消毒的物品经过“输出”通道直接从手术室转移到消毒柜，消毒后经过“输入”通道转移到手术室，这样避免了消毒物品在转移的过程中二次污染。
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