无菌室的设置
无菌室应根据既经济又科学的原则来设置。其基本要求有以下几点：
（1）无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。内间面积2×2.5＝5m2，外间面积1×2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。
（2）内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台远的位置上；外间的门好也用拉门，要设在距内间远的位置上。
（3）在分隔内间与外间的墙壁或“隔扇”上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。
（4）无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上（即离工作台远的位置），好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件可安装恒温恒湿机。
改革开发以来，随着外资及民营企业的迅速发展，洁净空调技术在微电子工业、医药卫生及食品工业等行业得到了广泛的应用，越来越多生产工艺工程师、工程技术人员接触并认识了洁净室。洁净室的相关从业人员也呈现几何数级增长，但是多数并未真正认识到洁净室的具体应用。
1、污染物质
了解洁净室首先需要了解污染物，洁净室技术的主要控制对象就是对室内洁净环境产生影响的室外污染物质，包括粉尘、烟、烟雾、化学污染物、微生物等。对大气尘来说，其中小于1μm的粒子数约占总粒子数的99%，但其质量分数约占3%；10μm以上的粒子数很少，但其质量分数可达80%，一般要求的洁净室关注的是0.5μm的粒子，浓度检别采用计数法。
污染物的来源分室外大气及室内产尘，其中室内产尘人是主要控制对象，人活动时的发尘量比静止时大好几倍。参考如下表：
2、洁净度级别
洁净室的级别的选择，对业主的投资预算有至关重要的影响。业主、设计方、施工承包商都必须了解规范或ISO标准中那些不必要的变量、因素对于花费的影响。
国际污染物控制学会联盟（ICCCS） 协调国际标准化组织（ISO）早已制定了ISO-14644标准，我国采用的GB50073-2001洁净室级别标准与IS0标准是一致的。故建议各从业人员从FS-209E对洁净室级别的表述转变为ISO标准或国标标准，参考如下表。
生物洁净室是在工业洁净室的基础上发展起来的，所以其标准也往往以工业洁净室标准为基础，再规定空气中允许的微生物浓度。现有标准允许的细菌浓度包括浮游菌浓度及沉降菌浓度两种。参考以下GMP标准。
5、净化相关附属设备
包括净化工作台、层流罩、自净器（如空气净化器）、风机过滤单元、过滤器送风口、净化单元、装配式洁净室（如洁净棚）、净化空调机组（恒温恒湿、带过滤器）、风淋室、气闸室（进出门互锁）、传递窗、余压阀（维持稳定正压）、清扫装置（如真空吸尘系统）。
空气过滤器特性指标及分类
近年过滤器及相关配套厂商迅猛增加，市场混乱，产品质量及服务良莠不齐。洁净室从业人员必须了解过滤器的相关指标，以辨别产品的质量优劣。
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